小琉球擁有便利的交通及獨特的地理與海洋生物資源(如珊瑚礁、海龜等)，近年來因觀光迅速擴張及氣候變遷影響下，海洋生態面臨嚴峻挑戰。為維護這一片珍貴的海洋資源，海洋委員會攜手屏東縣政府與大鵬灣國家風景區管理處提出「珊瑚礁生態系統保育」、「強化潮間帶管理」及「遊憩承載量評估」等三大方案，盼以多管齊下的策略，有效解決小琉球面臨的困境，確保珊瑚礁與海洋生物的永續發展。

珊瑚礁生態復育展現初步成果：海洋保育署持續推動「珊瑚礁生態系統保育」，透過海洋保護區整合平台會議，凝聚部門共識以提升保育效能，並執行小琉球珊瑚調查與復育計畫，截至114年上半年，已完成白沙港海堤、杉福、杉福漁港海堤及花瓶岩等四處之珊瑚調查，復育作業持續進行中，截至目前已於山豬溝北堤、白沙港外堤、杉福天然礁完成1,172株珊瑚之移植作業。為擬訂「珊瑚保育計畫」及「珊瑚礁生態復育指引」，已於114年6月10日辦理「珊瑚礁生態復育指引工作坊」墾丁場次，預計7月續辦小琉球場次，在實際復育地點進行實作與經驗分享，瞭解復育作業流程與最佳實踐方式，俾利後續復育工作之標準化與制度化。海委會另指出，業已協調屏東縣政府針對違反管制規定使用潛水器採捕珊瑚礁魚類行為進行查緝，並加強於販售端宣導，及進行杉福漁港排水設施改善工程，本項工程預計於今年11月中旬完工，可避免廢污水直接排入杉福潮間帶，以維護珊瑚礁生態。

潮間帶保育收費機制再擴大：屏東縣政府自113年7月1日起，針對杉福、漁埕尾、肚仔坪潮間帶收取保育費(每人新臺幣60元整)，至113年11月底止，前述3潮間帶進入人數與112年同期比較減少80%，人潮壓力已明顯減輕。但人潮轉往未收費的蛤板灣潮間帶，據屏東縣政府統計資料顯示113年7至11月進入該區之人數共計28,123人，為前述3區潮間帶總進入人數（6,344人）443%，縣府為維護生態資源，避免過多人潮持續造成該區域生態破壞，自114年7月1日起，亦將蛤板灣潮間帶納入收費管理。另為有效養護資源，今年度增設「龍蝦洞核心區」，禁止遊客進入，是繼肚仔坪核心區後，琉球保育區的第2個核心區。海委會強調，小琉球5處潮間帶遊憩熱區均已納入管制，有效降低淺水域珊瑚礁的人潮壓力，後續應再搭配長期的調查監測，視潮間帶生態恢復情形，適時調整管理措施。

遊憩承載總量管制維護生態環境：海委會協調大鵬灣國家風景區管理處於114年5月完成「113年度琉球風景特定區遊憩承載量評估調查」，本項評估調查顯示遊客人數每日達8,000人為「預警階段」，開始啟動預警模式，於官網、碼頭顯示島上人數，請登島人員自行斟酌是否登島；遊客人數達1萬人為「管控階段」，雖遊憩品質有點影響但不至於到十分擁擠，可執行像是針對熱門景點增加人力進行分流或建議前往其他景點的措施；達1.2萬人時為「管制階段」，已達到遊憩承載量建議之極限，將影響到生態環境、遊客心理及旅遊品質，建議須管制登島人數及啟動預約或排隊機制，從調整船班頻率著手以平均登島之遊客人數，降低小琉球在某一時間遊客過於集中而負荷過量。海委會表示，將請鵬管處依前述評估調查積極應處，並依生態復原狀況，適時滾動調整遊憩承載數據，並研訂管理措施及滾動調整總量人數。

海委會最後表示，這些方案除了透過政府機關間合作外，當地居民及民間團體的認同及參與更是關鍵，也希望潮間帶管理與海域水質改善並行下，讓遊憩與生態取得平衡，確保這片珍貴的海洋資產得以長久保存，讓後代子孫也能見證小琉球的自然之美。